整合生態系統服務與生態水文於土地利用規劃模擬與決策支援系統建立之研究，行政院國科會，2011-2014 。(計畫主持人)  

整合地理統計、層級貝氏定理及水文距離於溪流多尺度變異及層級特性之研究，行政院國科會，2008-2011 。(計畫主持人) (優秀年輕學者計畫; 國科會傑出學者養成計畫)

建立整合性空間分佈模式於集水區生態水文規劃管理之研究，行政院國科會，2007-2010 。(計畫主持人)

農田水利會生態工程成效評估與技術推廣計畫，行政院農委會，2009。(計畫主持人)

農田水利生態工程選址及效益評估模式，行政院農委會，2008。(計畫主持人)

台北都會區土地使用變遷模式之研究－子計畫二：土地利用變遷與政策之互動影響分析-空間統計模式(III)，行政院國科會，2007-2008 。(計畫主持人)

農田水利生態工程選址及效益評估模式，行政院農委會，2007。(計畫主持人)

農田水利生態工程選址及效益評估模式，行政院農委會，2006。(計畫主持人)

環境永續性評價與管理：環境承載力、累積性衝擊評量及政策環評與總量管制之相關性研究－子計畫二：土地利用與景觀生態面向環境承載力、累積性衝擊評量及政策環評與總量管制之相關性研究(III)，行政院國科會，2006-2007 。(計畫主持人)

台北都會區土地使用變遷模式之研究－子計畫一：土地利用變遷與政策之互動影響分析-空間統計模式(II)，行政院國科會，2006-2007 。(計畫主持人)

環境永續性評價與管理：環境承載力、累積性衝擊評量及政策環評與總量管制之相關性研究─子計畫二：環境永續性評價與管理：土地利用與景觀生態面向環境承載力、累積性衝擊評量及政策環評與總量管制之相關性研究(II) ，行政院國科會，2005-2006 。(計畫主持人)

都會區土地使用變遷之網格自動機模型之研究─子計畫二：土地利用變遷與政策之互動影響分析-空間統計模式(I)，行政院國科會，2005-2006 。(計畫主持人)

環境影響評估總量管制資料之建置與更新，行政院環保署，2005。(計畫主持人)

地理資訊系統SuperGIS之地理統計演算元件平台技術開發，NSC 93-2415-H-034 –008-CC3，行政院國科會，2004-2005。(計畫主持人)(產學合作計畫)

環境承載力、累積性衝擊評量及政策環評與總量管制之相關性研究-子計畫二：土地與景觀生態面向環境承載力、累積性衝擊評量及政策環評與總量管制之相關性研究(I) ，行政院國科會，2004-2005。(計畫主持人)

山坡地及海岸地區環境影響評估總量管制計畫，行政院環保署，2004。(計畫主持人)

環境永續性評估、管理程序與方法之建立-子計畫三：環境承載力、總量管制與政策環評之研究─景觀生態與土壤面向(III) NSC-92-2621-Z-034-004 ，行政院國科會，2003-2004。(計畫主持人)

預測集水區之土地利用變遷及其對河川流量影響之研究92-2415-H-034-007-，行政院國科會，2003-2004。(計畫主持人)

「流域自然生態環境資源量化基準調查規劃評估」-生態環境影響評估空間指標系統之建立計畫，行政院環保署，2003。(計畫主持人)

山坡地等地區環境影響評估總量管制計畫-以嘉義縣市為例，行政院環保署，2003。(計畫主持人)

應用遙測影像及景觀生態計量方法於集水區土地利用變遷之研究，行政院農委會水土保持局，2003。(計畫主持人)

政策環評理論及實務發展之研究：環境永續性評估程序與方法之建立政策環評景觀生態面向評估方法之建立，NSC-91-2621-Z-034-003-，行政院國科會，2002-2003。(計畫主持人)

山坡地等地區環境影響評估總量管制計畫-以苗栗縣為例，行政院環保署，2002。(計畫主持人)

七星農田水利會九十年度「灌溉及圳路調查管理系統後續」，七星農田水利會，2001-2002。(計畫主持人)

建立水環境品質評比指標，行政院環保署，2001-2002。(計畫主持人)

應用景觀生態指標及計量方法探討都市綠地之品質(I) ，NSC 90-2621-Z-034-002，行政院國科會，2001-2002。 (計畫主持人)

景觀(地景)生態指數與計量方法分析埤塘景觀時空間變遷之研究(II)-蘆竹鄉、觀音鄉為例，NSC 90-2415-H-034-003，行政院國科會，2001-2002。 (計畫主持人)

山坡地等地區環境影響評估總量管制計畫-以新竹市、新竹縣為例，行政院環保署，2001。(計畫主持人)

景觀(地景)生態指數與計量方法分析埤塘景觀時空間變遷之研究(I)-蘆竹鄉、觀音鄉為例，NSC 89-2415-H-034-007，國科會，2000-2001。(計畫主持人)

桃園台地城鄉永續發展之研究-地理資訊系統在城鄉環境規劃上應用與景觀生態系保全基礎建構之研究，NSC 89-2621-Z-034-003，國科會，1999-2000。(計畫主持人)

多目標與多變數地下水水質監測站網規劃方法研究，NSC89-2313-B-034-001，國科會，1999-2000。(計畫主持人)