植物組織培養之培養基設計主要是參考分析植物體養分而來，但須注意的是，試管培養之培殖體吸收養分的途徑和栽植在土讓利用根系吸收養分之機制有所不同。在早期組織培養試驗顯示氮、磷、鉀、鈣、鎂及硫為細胞正常生長之重要元素，上述之養分稱為巨量元素，癒合組織培養通常需要較高濃度巨量元素，而根之培養度濃度則需降低。

在木本植物組織培養中最常使用之培養基為 MS 培養基，或將MS培養基修飾呈不同濃度層級，但在針葉樹培養，MS 培養基則較少使用。培養基是否適於培養特定植物或誘導植物之型態發展，其關鍵在於培養基之離子強度、總氮含量、硝酸態氮與銨態氮之比、鈣離子及培殖體是否對氯離子敏感。

當培養之樹種尚無研究資料時，一般建議先使用養分濃度較低之培養基，如此可使培殖體之死亡率降低，後序之培養如有需要可逐漸提高養分濃度。

培養基之養分濃度隨培養時間改變，有些元素養分消耗很快，養分元素消耗之情形主要和物種及培殖體種類有關。當培殖體生長迅速時，頻繁之繼代培養可保持培養基之養分維持在最低底線上，尤其是使用低養分濃度之培養基更需時常繼代培養。

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組織培養之培養基組成份可分成三大類，即巨量元素（Macroelements）、微量元素（Microelements）及維生素（Vitamins）。以本實驗室最常使用之培養基 MS 及 WPM 為例，其組成份如下。

	MS	WPM
Macronutrients in mg/L
NH4NO3	1650	400
CaCl2•2H2O	440	96
MgSO4•7H2O	370	370
KNO3	1900	--
KH2PO4	170	170
Ca(NO3)2•4H2O	--	556
K2SO4		990
Micronutrients in mg/L
H3BO3	6.2	6.2
CoCl2•6H2O	0.025	--
CuSO4•5H2O	0.025	0.25
Na2EDTA	37.25	37.25
FeSO4 •7H2O	27.85	27.85
MnSO4•4H2O	22.3	22.3
KI	0.83	--
Na2MoO4•2H2O	0.25	0.25
ZnSO4•7H2O	8.6	8.6
Vitamins in mg/L
My-inositol	100	100
Glycine	2.0	20
Nicotinic acid	0.5	0.5
Pyridoxine-HCl	0.5	0.5
Thiamin-HCl	0.1	1.0