斑馬魚（Danio rerio）由於其體外受精發育、胚胎透明、發育快速、繁殖力旺盛、胚體大而便於操作、易於維持管理等等特點，在發育遺傳學以及神經發育解剖等方面，已成為最重要的動物模型之一。
斑馬魚在分類上，屬於脊椎動物的一員，其基因調控機轉、解剖構造以及病理生理反應等均較果蠅或線蟲更接近高等靈長類。
近年來在基因體學等研究的進展下，斑馬魚更成為器官生成、再生醫學、藥物毒物篩檢、營養代謝、微生物微生態平衡等領域的重要研究工具。
本標準作業程序參考 James Chen's lab, Fish Facility SOP 修改而成。
斑馬魚房標準作業程序記錄表 (2014年第4版)
一般作業程序：- 魚房內的養魚設備分為系統缸與獨立缸，系統缸內除健康的斑馬魚以及餵飼用的豐年蝦外，不得容納任何其他生物。
- 除接入系統缸的進水系統之外，系統缸不得接受任何其他的水源。
- 為避免污染並保持魚群健康，不得使用其他水源操作系統缸內的魚，同時包括撈魚網在內之魚隻操作器具也不得混用。
- 除非絕對必要，禁止在暗週期（0AM~8AM）期間進入魚房。
- 魚房室內溫度應保持在 26~28˚C，水溫則應保持在 28.5˚C 以上。
- 產卵用之雄魚與雌魚應分缸飼養。飼養密度上限為 5隻/L。
- 每日應餵食兩次（12PM 及 6PM），產卵魚可於前一日加餵一次，週末可以只餵一次（2PM）。應避免過度餵食以及餵食不足。
- 每日應檢查魚體健康狀態，若系統缸內有疑似病魚，應立即移入獨立缸內。無論任何時候，發現死魚應立即移除。每月統計死亡率並列入記錄追蹤。
- 每日應檢查系統缸是否漏水、水路是否通順以及導電度是否正常。
- 每週應將系統缸之水槽換水30％，並清洗循環濾棉以及抽水馬達進水濾網。
- 每週應打掃房舍一次。
- 每週應測量並記錄各水質指數。
- 每月應清洗更換各系統缸一次，並更換濾棉。
- 每半年應更換系統濾心（大胖）。
- 每年應更換進水前處理濾心（小胖）及曝氣硝化槽各濾材。
- 每兩年應更換紫外線殺菌燈管。
- pH = 6.5 ~ 7.5，可以酸、鹼緩衝溶液調整。
- 導電度 250~750 µS，若過低可以海鹽調整，過高則換水。導電度偏移會影響母魚產卵。
- 氨/胺 (NH3/NH4+)含量應少於 2ppm（mg/L），過高則換水。
- 亞硝酸鹽（nitrite，NO2）含量應少於 1ppm（mg/L），過高則換水。
- 硝酸鹽（nitrate，NO3）含量應少於 40ppm（mg/L），過高則換水。
- 豐年蝦為主要的食物，理想狀態為每日餵食兩次，理想的餵食量為五分鐘內能被吃完為準。
- 也可以餵食乾飼料，但並不建議連續以乾飼料餵食，可以將乾飼料作為產卵缸加餐之食物。
- 乾燥豐年蝦卵應置於冰箱冷藏（4˚C），並避光保存。
- 豐年蝦卵孵化用水應以逆滲透水及海鹽（instant ocean salt，30g/L）配製。
- 孵化豐年蝦卵時，以空氣幫浦攪動孵化槽，豐年蝦應於24小時左右開始孵化。孵化的豐年蝦應於兩天內用盡，故應避免一次放入過多蝦卵。
- 斑馬魚幼魚於5日齡（自受精日起，5dpf）開始餵食。
- 斑馬魚幼魚以草履蟲（paramoecium）及剛孵化的豐年蝦為主食，14日齡後停止餵食草履蟲，僅餵食豐年蝦。
- 在曝氣水中加入少許脫脂牛奶（1%），加入草履蟲種群，靜置於室內，即可維持幼魚食物來源。
- 斑馬魚幼魚餵食草履蟲時（一天四次，草履蟲濃縮後餵食），應離開系統缸，待草履蟲被清除後，方可返回系統。
- 產卵缸應於第二次餵食1小時之後（7PM 以後）再行設置。
- 每次使用1～3隻雌魚以及1～3隻雄魚產卵（建議1＋1）。
- 每15～20分鐘收一次卵，第一次卵裂約在受精後30～45分鐘。
- 斑馬魚卵應置於 28.5˚C 保溫培養箱中。