由於20世紀後半，分子生物學知識以及技術上的突破，生物醫學研究從早期的型態結構觀察，演進到如今的分子調控機轉，近半個世紀以來，人類對於生物系統運作方式的了解，可以說有爆炸性的突破。 然而相較於我們還不知道的部分，我們已經知道的仍然如滄海之一粟，少之又少。 生物醫學研究，目前正處於即將轉型突破的時代：一方面累積的各方面知識越來越多，已經超出人們能夠處理的能力範圍，另一方面，新的、統合資訊的哲學系統卻還沒有能夠真正成形。 因此生物醫學研究，目前正處於最困難的時代，卻也是最具潛力的時代。
研究生（不論你是碩士班還是博士班）入學的目的，就是接受科學研究的訓練，以具備現代生物醫學科學研究的背景知識與能力。 本手冊是給研究生（無論你有沒有要加入本實驗室）一個學生生涯的參考：身為研究生該有的覺悟、該學會的事情以及該擔憂的潛在危機。
不論你是出於什麼原因或經過什麼樣的思想掙扎才決定來讀研究所，你肯定有了足以說服自己的理由。記住這個理由，才能夠督促自己，積極的向目標邁進。 科學研究的路途，就像一般的人生道路一樣，充滿了失敗與挫折，只有保持著積極而自我要求的態度，才不會活得太痛苦。
研究生畢業取得學位時，即表示已經成為受到完整訓練的科學家。 除了在專業科目的背景知識之外，有三項所有科學家都應該要具備的技能，這些技能是保證科學家在面對不同的科學研究議題時，都能一展身手的基本競爭力。 因此在學生生涯期間，會常常在所修課程或實驗室生活中，被要求在這些方面加以鍛鍊。
- 溝通 科學家有藉由閱讀或聽演講吸收新知的能力，也有將本身知識或發現，以書面或口頭報告傳達的能力。 研究生畢業時，應該具備針對某主題收集資料、閱讀吸收並將所得結果做系統性整理的能力，這個部分，以教學講課為最佳試煉。 此外，研究生也應該要有在正式場合作口頭報告，以及撰寫正式科學報告的能力，故必須要有參加科學會議發表研究成果，並投稿科學期刊的經驗。
- 分析 科學家有針對科學議題進行邏輯分析的能力。研究生畢業時，應有能力將自己所執行的研究計畫，做邏輯性的分析整理： 研究計畫的緣由、計畫開始時已知的事實、需要釐清的問題以及由此而衍生的假設、實驗設計的原理、實驗結果的結論以及可由此延伸的意義等。 最好的訓練方式，就是閱讀分析同領域的研究報告，因此在研究所期間，通常會被要求在實驗室或課堂中做 journal club 式的口頭報告。
- 實驗 科學家有針對科學議題提出假設，並動手進行實驗驗證的能力。雖然不同的領域需要不同的實驗方法與技術，但生物醫學是實證科學，任何科學知識都需要證據的支持。 實驗的理論與操作技術一樣重要：理論是操作技術的基礎，實際操作時若遇到問題，只有在了解基礎理論之後，才能解決技術上遇到的問題。 最好的訓練方式，就是教別人做實驗，並幫助別人解決問題。因此，資深研究生通常要負起教導新進研究生實驗的責任。 研究生必須自行執行研究所需要的實驗，由此培養判別實驗結果的能力，畢業論文中所呈現的實驗結果，均必須自行產生。
一般來說，碩士生的修業年限為兩年。在兩年期間，必須要修完本所的核心課程、熟悉實驗技術、了解研究計畫的背景以及實驗設計、執行實驗以及撰寫論文以及研究報告草稿。 在經歷這些生涯的期間，養成上述三項基本競爭力，其過程應該是十分緊湊而豐富的。 如果你在讀研究所的過程中，覺得沒什麼事好做、很無聊，可能的原因有兩個：一、你已經受過充分的訓練，所以這些要求相對來說都很簡單，就像大學生回去重讀小學一樣； 二、你還沒有開始受到訓練。如果是前者，你應該考慮出國進修或直攻博士班，如果是後者的情況，你應該要開始考慮延畢的可能性。
- 入學前 在決定跟隨老師之前，多拜訪幾位老師，了解他們的研究方向以及實驗室裡的互動氣氛。 找到適合自己研究興趣的實驗室固然重要，適合自己個性的實驗室氣氛與指導老師也同樣重要。 入學前的暑假，是完成入學準備的好時機，如果實驗必須操作動物，可以參加實驗動物訓練課程，若需要操作放射性標記實驗，可以參加 輻射操作訓練課程，若對分子生物技術不熟悉，可以參加生物技術核心實驗課程。 台大校內提供許多的訓練課程，有心學習的人，絕不缺乏學習的機會。
- 第一個學期 除了修習必須的核心課程之外，必須開始了解所要執行的研究計畫。 無論老師是否對你的研究計畫已經有所安排，都必須開始研讀相關文獻，在 lab meeting 時，每個月至少進行一次口頭報告。 一般來說，在第一個學期結束時，應該要能對於所要執行的研究計畫，做一個背景介紹的報告（what has been done, what is known, what is the hypothesis, what's the initial experiments...）。
- 第二個學期 除了修習必須的核心課程之外，必須開始熟悉研究計畫所必要的實驗技術。 無論實驗室是否已建立實驗所需要的技術系統，第二個學期結束時，研究生都應該已經精熟實驗所需要的技術，並且有了初步的結果。 在 lab meeting 時，每個月至少進行一次口頭報告，可以將文獻報告與實驗進度交錯進行。 若實驗初步結果顯示原本的設計需要修正，也可以同時進行。 一般來說，在第一個學年結束時，應該能夠確定研究計畫的完整結構、實驗設計的細節、取得必須的基礎對照實驗結果，並以此做一個報告。
- 暑假 暑假是推展實驗進度以及練習自行安排實驗節奏的的好機會。由於不需要修課，什麼實驗該什麼時候做都掌握在自己的手中。 暑假時也應該開始留意何時有參加科學會議發表成果的機會。
- 第三個學期 必須修習的學分應該所剩不多，但由於實驗室有新生加入，較資深的學生應負起教導新生的責任，同時也是訓練自己在「溝通」、「分析」以及「實驗」等各方面的能力。 在 lab meeting 時，每個月至少進行一次口頭報告，以實驗進度為主。
- 第四個學期 學期開始時，實驗應該已經進入收尾階段。學期中以前，應該已經有在科學會議上，公開發表成果的經驗。 在 lab meeting 時，仍然保持每個月至少進行一次的口頭報告，可以將文獻報告與實驗進度交錯進行。
- 口試 在三月底以前，應該先跟屬意的各口試委員通訊約定完成。 實驗應該在五月中以前全部完成，論文的撰寫以及投稿草稿的準備應該在實驗收尾的同時進行。 論文初稿應該要在口試一個月前交給指導老師（也就是我本人），並在口試兩週前交給各口試委員。 口試必須要在六月底以前完成。
- 回復原狀：無論你是使用了某樣儀器、借用了某樣工具、打翻了某樣藥品、改變了某個開關或是門的狀態，無論你有多匆忙，離開前，請務必回復原狀。
- 回補耗材：無論你使用何種耗材，當發現存量將近見底時，務必知會其他實驗室成員，並訂購新的耗材。
- 不要嘗試修改運作良好的事物：無論是儀器設備或是實驗步驟，如果已經處於運作良好的狀態，請不要嘗試修改。
- 通知負責人：使用不屬於自己的儀器設備前，請務必通知負責人。不論你弄壞了什麼東西，請務必通知負責人
- 知道自己在做什麼：操作任何實驗步驟前，要知道自己操作的藥品或儀器設備的危險性，以避免任何潛在的危險。
- 知道別人在做什麼：多關心其他實驗室成員，了解別人在做些什麼實驗，對於維持實驗室運作順暢，以及實驗室眾人的安全都有正面的幫助。
- 準備緩衝時間：任何必須帶有老師簽名的文件，必須在交出期限至少一週以前，交給老師。
原則上，研究室主持人有絕對的決定權，決定放入發表論文的作者列表與排名順序，而決定的過程，通常是依循一定的準則。
依照「國際醫學期刊編輯諮議會」（International Committee of Medical Journal Editors，ICMJE）所公告的「生物醫學期刊文稿送審準則」
（Uniform requirements for manuscripts submitted to biomedical journals），
要列名於期刊文章作者群中，應該要是「對該發表研究具有重大智思貢獻者」（someone who has made substantive intellectual contributions to a published study）。
具體來說，一名作者應該要同時符合三個條件：
- 對研究構思與實驗設計，以及對實驗結果的取得、分析及詮釋具有重大貢獻者；
- 在文稿撰寫或修改上具有思辯貢獻者；
- 在文稿送審前同意該送審文稿內容並同意列名於其中者。
- 研究構思與實驗設計
- 執行實驗研究
- 分析研究資料
- 產生或取得研究所需之材料與分析工具
- 文稿之撰寫
- Graduate Survival Guide
- SGS/BGSO/Survival Guide
- How to succeed in science: a concise guide for young biomedical scientists. Part I
- How to succeed in science: a concise guide for young biomedical scientists. Part II
- Here is why journal editors accept a paper!!
- The production process of a paper after you have your data in hands.