工科海洋系東鄰環工所與長興街、西鄰原基隆路三段156巷、南鄰慶齡工業中心及基隆路三段、北鄰原舟山路。 工科海洋系共有五棟建築：
- 工科海洋系系館：建於1973年、面舟山路，為一長178米地上兩層、地下一層的建築物。原一樓為舊船模實驗室、後改為實驗室。本系教室、辦公室及會議室位於本建築物二樓。
- 工科海洋系二館：建於2020年、原為本系花卉實驗室及學校基隆路機車停車場。改建後，一、二樓為臺大立體機車停車場，三樓以上為本系實驗室(四、五樓待經費足夠後增建)。
- 船模實驗室：建於1987年、為本系船模測試水槽所在之建築物。測試水槽長130米、寬8米、深4米、內有拖車及造浪機。
- 海工實驗室：建於1987年、內有長46米、寬26米、深1米的海洋工程測試水槽。
- 聲學實驗室：建於1982年，內有迴響室及無響室。
