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2011年6月。〈臺灣議會設置請願運動再探討〉，《台灣史料研究》第37號，頁2-31。（PDF）
2010年9月。〈試論戰後台灣關於霧社事件的詮釋〉，《臺灣風物》，60卷3期，頁11-57。（PDF）
2009年2月。〈植民地主義の後遺症——台湾を中心に〉，《立命館言語文化研究》，20卷3號，頁133-143。（PDF）
2007年12月。〈山在碧波瑤浪中──總論明人的臺灣認識〉，《臺大歷史學報》第40期，頁93-148。（PDF）
2007年1月。〈楊英《先王實錄》所記「如新善開感等里」之我見〉，《歷史月刊》，第229期，頁75-79。（PDF）
2006年7月。〈一五八二年美麗島船難餘生記〉，《艾爾摩莎：大航海時代的臺灣與西班牙》（展覽圖錄），頁25-38。臺北：國立臺灣博物館。（PDF）
2006年12月。〈「進步由教育 幸福公家造」──林獻堂與霧峰一新會〉，《臺灣風物》，第56卷第4期，頁39-89。（PDF）
2005年6月。〈想像的民族風──試論江文也文字作品中的臺灣與中國〉，《臺大歷史學報》第35期，頁127-180。（PDF）
2004年12月。〈寫實與規範之間──公學校國語讀本插畫中的臺灣人形象〉，《臺大歷史學報》，第34期，頁87-147。（PDF）
2003年12月。周婉窈、許佩賢合著。〈臺灣公學校制度、教科與教科書總說〉，《臺灣風物》53：4，頁119-145。（PDF）
2003年11月。周婉窈、許佩賢。〈臺灣公學校與國民學校國語讀本總解說──制度沿革、教科和教科書〉，周婉窈等編著，《日治時期臺灣公學校與國民學校國語讀本解說•總目錄•索引》，頁3-44。臺北：南天書局。
2003年6月。〈歷史的統合與建構──日本帝國圈內臺灣、朝鮮和滿洲的「國史」教育〉，《臺灣史研究》，10卷1期，頁33-83。（PDF）
2003年4月。〈陳第〈東番記〉──十七世紀初臺灣西南地區的實地調查報告〉，《故宮文物月刊》，第241期，頁22-45。（PDF）本文修訂後收入周婉窈，《海洋與殖民地臺灣論集》（臺北：聯經出版公司，2012），頁107-150。（PDF）
2001年12月。〈失落的道德世界──日本殖民統治時期臺灣公學校修身教育之研究〉，《臺灣史研究》，8卷2期，頁1-63。(修改後，收入《海行兮的年代》)
1997年12月（1999年6月出刊）。〈實學教育、鄉土愛與國家認同──日治時期臺灣公學校第三期「國語」教科書的分析〉，《臺灣史研究》，4卷2期，頁7-55。(修改後，收入《海行兮的年代》)
1996年12月。〈綃山傳奇──賀雙卿研究之檢討與展望〉，《新史學》，7卷4期，頁159-197。邢義田、黃寬重、鄧小南總主編，《臺灣學者中國史研究論叢：婦女與社會》（北京：中國大百科全書出版社，2005），頁265-291。（PDF）
1995年6月（1996年4月出刊）。〈日本在臺軍事動員與臺灣人的海外參戰經驗（1937-1945）〉，《臺灣史研究》，2卷1期，頁85-125。(修改後，收入《海行兮的年代》)
1995年6月。〈臺灣人第一次的「國語」經驗──析論日治末期的日語運動及其問題〉，《新史學》，6卷2期，頁113-161。(修改後，收入《海行兮的年代》)
1994年6月。〈從比較的觀點看臺灣與韓國的皇民化運動（1937-1945）〉，《新史學》，5卷2期，頁117-158。(修改後，收入《海行兮的年代》)
1993年10月。〈清代桐城學者與婦女的極端道德行為〉，《大陸雜誌》，87卷4期，頁13-38。收入鮑家麟編，《中國婦女史論集》，第4集（臺北：稻鄉出版社，1995），頁185-251。（PDF）
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