College of Life Science

 　

TC3-A40

蛋白質體學

Protein Sequencing

儀器簡介

計費方式

申請方法

注意事項
Introduction

Charge

How to apply

Remarks

     

TC3-A40 儀器簡介：

本設施已於 2011/08/31 結束服務

        本儀器由台灣大學跨院系貴重儀器經費 (2002 年) 所購置，除協助本院或校內各研究室進行相關的蛋白質序列分析之外，若儀器仍有多餘產能，將可提供為校外各研究單位定序服務。 另外，近期 (2007 年) 由中央研究院提供相似機型兩部加入服務，因此中研院生化所之使用者可以校內價格計費 (x 0.9)。

儀器型號：Applied Biosystems, Procise 492 & 494

根基於 Edman degradation 反應的傳統 N-端自動定序儀器。參考網站：Wikipedia: Edman degradation。

● 生技系時期總共處理案件數目：420 件 (2003/06~2007/10/01)

● TechComm 時期共處理案件數目：412 件 (2007/12/01~2011/08/31)    常見問題    注意事項

　

TC3-A40 計費方式：

因為本儀器的消耗品及維護費相當昂貴，因此請使用者共同負擔費用，以便維持儀器的良好操作品質。

 特別注意  

因為定序結果不一定成功，可能樣本太雜，或 N-端被 blocked；雖然無法完成定序，仍須付『基本費用』是我們服務的先決條件。若無法認同這一點，請勿送件。(通常遇到無法定序的樣本，我們都會跑一次標準品，看系統是否有問題，確定系統正常，才會決定是被 blocked)。

經過六年服務之統計，若不計入儀器購置、水電人工等成本，向大家收取的費用，無法支付本儀器的消耗品費用，因此 2009 年 9 月 14 日起調漲費用如下 (以送件日期為準)：

樣本數目 1~2 3~5 6~9 10 以上 　
基本費用

2,500

2,400

2,300

2,200

無論有無定出序列均得繳付
每胺基酸

350

350

350

350

依最後定出的胺基酸數目計算
　 　 　 　 　

　

收費說明：

(1) 數量增加享有折扣優待，是因為較大數量一起處理起來比較方便，因此必須是 同一批送件 才能有折扣，否則仍以單件計價。

(2) 例如只送一件，定出 10 個胺基酸，則需付費 2,500 + (350 x 10) = 6,000。生科院及校內使用者乘以 0.9 計價。

(3) 因故未能定出序列者，除非是我們操作失誤，也必須收取基本費用。

　

TC3-A40 申請方法：

請以 e-mail 提出服務要求，複製並填妥以下各資料或問題：

基本資料： (必須回答)

計畫主持人： 姓名 + 連絡電話或 e-mail (通常是指導教授)

計畫執行人： 姓名 + 連絡電話或 e-mail (通常是研究生、博士後或助理)

樣本總數目： 請注意要同一批送件

樣本的來源： 請分別說明每一個樣本的來源為何

樣本的純度： 請說明如何純化或得到你的樣本

以下這些說明可以幫助我們處理樣本： (選擇性回答)

樣本的處理： 樣本有沒有經過特別的處理 (例如蛋白脢水解片段)

最多循環數： 例如指定最多只要定十個胺基酸 (或沒有限制)

電泳染色片： 電泳片的結果可以幫助我們操作更正確

樣本之定量： 有無蛋白質定量結果

其它注意事項： 要不要快速 e-mail 通知定序結果？

請電郵至：

技術問題請洽：TC3 技術員

樣本郵寄： 台北市羅斯福路四段一號 國立台灣大學 生命科學館三樓 科技共同空間 TechComm TC3-A40

　

TC3-A40 注意事項：

樣本的準備方法：

(1) 要求三個基本原則：質均、量多、少鹽類。

(2) 原則上只接受轉印在 PVDF 膜上的樣本，其它形式樣本請來信洽詢。

參考：轉印 PVDF 膜的操作方法 (酵素化學實驗)。

注意：請一定使用 Millipore 的 PVDF 膜，以免轉印膜溶解掉。

(3) 樣本濃度越高越好，Coomassie Blue 染色要能清楚看到 (1~10 mg)，請自行調整；可集合若干個相同樣本，一起送來定序，結果會較明顯。

參考：如刊頭二次元電泳圖片中所標示的蛋白質色點最為理想。

(4) 最好的樣本是由 二次元電泳 轉印所得，若是使用一次元電泳，就要小心有無污染，電泳前儘量以各種色層分析法預先純化。

(5) 樣本中避免使用 Tris 為緩衝液，也要去除任何含有自由胺基的添加物。

注意：若因樣本太雜或上述問題導致無法定序，請使用者自行負責。

(6) 若遇到 N-端 blocking 的問題，將馬上通知使用者，以便儘快處理。

對策：若 N-端 blocked 就要以蛋白脢水解，分離出胜汰片段定序；或改用 LC-MS-MS 質譜儀分析，請另覓相關貴儀服務。

注意：很對不起，但 N-端 blocking 也要收取基本費用。

送件排序原則：

(1) 樣本請以掛號郵寄上述地址，或者親送本實驗室。

(2) 依樣本送到的先後順序排隊上機，若前面樣本很多，就要排隊較久。

(3) 我們希望大部分樣本都能夠在一週內完成定序工作。

(4) 目前僅接受學術單位委託，尤其是大學、研究所及中央研究院。

結果報告：

(1) 將以限時掛號寄上預測的蛋白質序列，以及每一循環的 HPLC 圖譜。

(2) 若需快速通知定序結果，將先以 e-mail 告知序列，同時再郵寄結果。

(3) 因故未能定出序列者，我們將說明理由，並且與使用者洽商對策。

(4) 遇有糾紛：很難免的，當你的序列定不出來，或結果不符合預期時，一定不太高興；此時我們會檢查其他人的定序是否正常，並通知此一事實；若無他人的樣本對照時，我們會跑一次標準品。請記得，你樣本處理越好，定序成功的機率就越大，所得到的序列也會越長。 申訴電話：3366-4448 莊榮輝。

　

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2012/07/17