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生物資訊學 |
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TC2 平台概述： TC2 平台提供生物資訊學研究的各項服務及諮詢，包括 gene profile (microarray) 資料分析軟體 GeneSpring 及 IPA、基因網路建構軟體 GeneNetwork、統計軟體 EDGE、蛋白質二維膠體電泳影像分析軟體 PDQuest 以及蛋白質身份鑑定軟體 MASCOT、microRNA target genes 預測、生物路徑分析、蛋白質結構預測等。提供免費的生物資訊軟體諮詢，可協助並加速生物實驗的設計，進而累積更多的研究成果。
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TC2 技術流程：
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淡藍色 = 平台主要服務 淡紅色 = 送外服務 深綠底色 = 其他 TC 平台 深紅底色 = 外部平台 |
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TC2 項目清單：準備中
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TC2-A10 Lasergene Lasergene 是由 DNAstar 這家公司出版的一款套裝軟體，整合很多功能不同的軟體。功能多樣，包括序列分析與註解、序列的比對、基因的搜尋、primer 設計、蛋白質結構預測等。 若只需短期練習，可至 DNASTAR® 官方網站申請 30 天免費試用版。 |
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TC2-A20 Beacon designer Beacon designer 是一款 用來設計 real-time PCR primer 的軟體，能夠計算 Tm 值跟 self base-pair 的可能性，同時能夠將設計出來的 primer 跟 database 上的序列做 Alignment ，是相當好用的軟體。
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TC2-A30 GeneSpring GeneSpring 是 Agilent 出版的軟體，能夠將 array 的資料視覺化 (Visualization) 、 統計分析、 基因註解跟分類， 以及生物反應路徑的比對。
更多資訊：
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TC2-A40 EDGE EDGE (Extraction and analysis of Differential Gene Expression) 是由美國華盛頓大學開發出來的一套免費開放原始碼 (open source) 軟體，可以應用在 time-course 的 array data 分析。
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TC2-A50 GeneNetwork GeneNetwork 是一款 web-based 的免費軟體，整合大量的基因及轉譯調控構築的網路。
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TC2-A60 TargetScan 4.1 TargetScan 是一款 web-based 的免費軟體，能夠利用 gene symbol 來搜尋透過預測得到的 microRNA，可以應用在設計 microRNA array 或是 microRNA real-time PCR 等實驗。
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TC2-B10 MASCOT MASCOT 是一套能夠利用質譜儀結果比對蛋白質資料庫做蛋白質身份鑑定的軟體，可以應用在一次質譜測量到的的 Peptide Mass Fingerprint 比對， 以及二次質譜的結果分析。針對 database 不完整的物種還可以利用 in-house 版本計建立自己的 database。目前本單位 in-house 版本的 MASCOT 是由張英峰老師實驗室提供。目前已改設於 TC3 蛋白質體平台，登入連結。
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TC2-B20 Discovery Studio Discovery Studio 是一套演算蛋白質構形的軟體，提供蛋白質序列比對及藥物設計的模擬。
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TC2-B30 PDQuest PDQuest 是一套能夠在二維電泳膠片上做比對分析的軟體，可分析 Coomassie Blue、SYPRO Ruby 及 silver staining 的膠片圖檔。它的操作非常簡單，首先將你的膠片掃描成 16 bit 非壓縮 tif 圖檔格式，再將圖檔匯軟體後按照軟體內建的操作精靈指示，即可一步一步完成分析。
更多資訊：
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TC2-B40 Ingenuity Pathway Analysis Ingenuity Pathway Analysis 是目前較完整的生物路徑分析軟體。原本由研發處出資購買，於總區生科院 TechComm 及醫學校區基因體醫學研究中心設立單機使用點。當時必須先上過定期舉辦的工作坊方能申請使用帳號，工作坊輪流於總區及醫學校區舉辦。
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TC2-C10 MATLAB 程式語言 MATLAB 為全球最強大的統計運算與工程軟體，具有人性化的操作介面，能直觀處理複雜的統計與工程問題，且MATLAB支援各種 Windows, Linux, Mac 作業系統，與 Excel 等各種資料庫可相互連結，延伸及強化資料分析功能。 MATLAB 強大的繪圖資料視覺化功能，在文章發表所需之統計圖表及影像呈現上更是有利的工具。TechComm 目前預定每學期開設 MATLAB 基礎教育訓練課程，歡迎院內師生報名參與。 針對大量數據的分析，若實驗室沒有相應的電腦硬體設備，目前 TechComm 提供一台 12GB RAM 的小型伺服器協助運算，歡迎付費實驗室預約使用。
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TechComm 首頁 |
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