本學位學程發展方向與重點
一、學制規劃構想
本植物醫學碩士學位學程係參考美國佛羅里達大學植物醫學學程之制度，但依國情之不同而修正採取碩士學位學程之學制，可與各相關科系之大學部課程順利銜接，期望發展成為全亞洲第一所的「植物醫學學程」(碩士學位)。本學程兼具學術與應用性，課程除了將著重於加強專業植物醫師之養成外，也將強化疫病蟲害整合科技之研究，包括重要植物疫病蟲害診斷新技術與綜合防治新方法之研發，並融入最新進的作物生產管理系統，以求經濟效益之最大化。
二、加強植物健康管理科技之研究與教學
疫病蟲害之發生經常伴隨多種影響因子相互作用，造成錯綜複雜的影響。是以未來本學位學程應加強植物保護與健康管理科際整合，加強田間實務經驗，推廣預防管理重於防治，著重各種疫病蟲害防治的「最佳處方」的個案研究，以求符合經濟最佳化之法則。
三、發展樹病醫療科技
我國有關森林病蟲害之防治是極大之挑戰，如目前褐根病已到處蔓延，構成造林之最大危機，而松材線蟲造成的萎凋病也讓松樹大量死亡，這些林木病蟲害皆極需加強防治方法之研究，以求森林之保全與永續經營。在本學程成立之後，各種林木保護科技將列為教學與研究重要的內容，一方面加強外科、注射、藥劑處理之研究，另一方面則加強樹醫科技之教學，以求培訓合格之樹醫，協助各縣市進行樹病之健康檢查、藥劑治療、防病防蟲等，達成保護珍貴老樹之目標。
四、發展分子檢測科技
現代化的疫病蟲害在診斷上常需仰賴分子檢測科技之應用，尤其對肉眼難以判斷之病毒病害等，現代的分生技術已開發出甚多快速、精準之檢測科技。在本學程成立以後，將繼續加強此些分子檢測科技之研發與教學。其一方面可繼續強化分子檢測科技之研究，另一方面則可強化分子檢測科技之教學，以求學生具有現代化之檢測技術，能快速、有效執行各種檢驗與鑑定之工作。
五、加強臨床植物醫學與農藥學之研究與教學
臺灣目前已登記使用之農用藥劑種類約400種，但相關之藥效、生態影響、殘留潛力、抗藥性菌株及昆蟲品系是否發生等之研究尚屬不足。在本學程成立之後，有關常用藥劑之藥性、安全、殘留、混合、副作用、抗藥性等，應該給予經常之測試與檢驗。植醫的培訓上，未來將要求學生學習了解各種常見重要藥劑之藥性、藥理、安全、殘留、混合、副作用、抗藥性等，以使所開處方具有：(1) 最大之療效，(2) 合乎經濟成本效益，(3) 低殘毒與低毒性，(4) 對環境與生態之友善。
六、加強植物疫病蟲害流行病學之研究與應用
本學程將整合相關之專業，努力推展作物流行病學、病蟲害預測、重大疫病蟲害之預警等科技之研究與教學。其一方面在謀求預防科技之進步，另一方面則在加強讓植醫習得此些實用之預防、監測、預警等技術，以利於田間有效執行相關之預防、監測、預警等，造福各地之農民及農企業。
七、發展有機及無毒之農業
有機或無毒之生產，皆需採取完全不用農藥與化學肥料之替代性方法或防治技術。本學程成立以後，亦將加強此些有機及無毒病蟲害防治技術之研究與教學。其一方面在謀求有機及無毒科技之進步，另一方面則在加強讓植醫習得此些有機及無毒科技，以利於田間加強推廣，增加全國有機及無毒農業之規模，造福各地之農民、農企業及消費者。
八、推動植物醫學之國際交流與互惠
基於我中華民國積極推展農業科技國際交流之政策，本學程成立以後將考慮招收亞洲地區之外籍研究生。一方面這是因為亞洲各國農業也極需「診斷、處方、評估」之顧問與服務，以求達成「健康管理、提高品質、符合安全」等目標，二方面，我國的農業科技水準向為亞洲頂尖者，而臺灣大學更是亞洲華人第一之學府，故此一「植物醫學學程」將可進一步讓臺灣大學邁向國際，創造另一項「亞洲第一」。又美國佛羅里達大學農學暨生命科學院成立之「植物醫學學程」 (Plant Medicine Program)，目前是全世界最具規模之植醫學府。本學程成立以後，將積極與此一「植物醫學學程」加強國際交流與互訪。
九、發展進出口之檢疫科技
農產品進出口問題皆需紮實科學與技術之配合，而本學程成立以後自當加強此一方面之研究與教學。其一方面在謀求進出口檢防疫科技之研究與進步，另一方面則在加強讓植醫習得此些進出口檢防疫科技，以增加我國農產品成功出口之機會，繁榮我國之農業經濟。