Microchip Lab

臨床上發現，患有食道癌的患者經過治療後，約一年半至兩年間可能有復發轉移情形，藉由蒐集食道癌治療後轉移與無轉移患者RNA，透過NGS技術想知道microRNA中轉移與無轉移間的差異性，探討兩者間differentially express microRNA，並針對microRNA-338-5p(338-5p)，嘗試證明338-5p於轉移後復發的腫瘤細胞表現，透過加入overexpress mimic食道癌細胞揭開細胞migration面紗，想知道338-5p的角色。並於實驗中以過度表現338-5p搭配食道癌常用化療藥物cispation，試圖增加患者存活率。
復發(recurrence)於細胞尺度上，即細胞爬到血管淋巴管後進而轉移，然原位癌細胞屬附著細胞，爬到血管游離後就會死亡，也想了解復發的癌細胞是否具有較高anoikis resistence。探討338-5p是否與anoikis相關？338-5p高表現對anoikis的影響為何？也發現Hrp3基因參與其中，延伸探討microRNA-338-5p, Hrp3之間與anokis關係。

次世代定序與菌相分析幫助我們了解複雜的生物與生物間關係，在環境議題上針對雲林六輕工廠附近農田、養殖池，採樣工安意外前後的土壤菌相分析，並應用相同技術探討茶樹園中噴灑農藥、有機耕種兩種截然不同方式，了解對土壤主要菌相的差異與關聯。 我們也探討紅火蟻入侵台灣的時間軸與環境關係、臺灣特有種定序：臺灣帝雉、藍腹鷴、水鹿、山椒魚等，這些都是實驗室有興趣的物種。 生資工具上利用各類分析軟體的整合與串接，以Python, R , Javascript, Linux等語言/系統，視覺化各項分析結果、編寫軟體、資料庫及搭建對使用者友善的介面平台。

近期嘗試將臨床影像、腫瘤基因定序作為資料來源，利用機器學習幫助臨床應用中個人、多人於判讀影像上的偏差，給予另一種參考的標準。 也試著利用基因定序的結果，借助機器學習，推敲出腫瘤基因與正常基因間的差異、癌細胞的轉移、分裂能力，更了解基因序列代表的意義。