貢獻
　　 曹院士的研究、教學與學術服務，對臺灣歷史研究的奠基與發展貢獻甚鉅。茲舉其犖犖大者分三項陳述如下：

一、整理史料，提升臺灣歷史研究之國際聲望
　　 曹院士任職臺大圖書館期間，深感整理臺灣史料之重要性，自1950年代起即義務協助《臺灣文獻叢刊》的出版。該叢刊至今仍為臺灣研究最重要的基礎文獻，對普及臺灣研究貢獻卓著。1960年起，沒有顯要學歷和頭銜的曹院士，更憑著他的研究實力，屢屢獲邀前往日本和歐美各國參與國際會議以及學術合作計畫，提升臺灣研究的國際聲望。1973年，應邀參加由香港中文大學和美國南伊利諾大學合辦的「越南中文資料國際研究計畫」，其研究成果《校合本大越南史記全書》由日本東京大學東洋文化研究所出版。1978年，應荷蘭萊頓大學邀請，參與《熱蘭遮城日記》編校注疏工作，其研究成果“De Dagregisters van het Kasteel Zeelandia, Taiwan 1629-1662”四冊，由Rijks Geschiedkundige Publicatien出版，列為荷蘭國家史料叢刊之一。2002年，荷蘭女王為了表彰曹院士對十七世紀荷蘭東印度公司在東亞活動歷史之研究與推廣的重要貢獻，特地頒授荷蘭王家勳章，是首位獲得該獎項的臺灣人。

二、著作等身，提出臺灣島史概念
　　 曹院士的研究領域涵蓋臺灣史、日本史、南洋史以及東西交通史等，興趣多元且廣泛。1990年，曹院士更在長年的學術研究累積下提出「臺灣島史」概念。曹院士認為，臺灣是一個獨立的歷史舞臺，從史前時代起便有許多不同種族、語言、文化的人群在其中活動，他們所創造的都是臺灣的歷史。研究臺灣歷史應該超越政治史的限制，跳脫漢人觀點、國家單位，朝人民的、區域的歷史發展，以提升研究境界，顯露臺灣歷史的真實面貌。在臺灣的基本空間單位上，以島上人群作為研究主體，縱觀長時間以來臺灣透過海洋與外界建立的各種關係，以及臺灣於不同時間段落，在世界潮流、國際情勢中的位置與角色。在細膩觀察臺灣細微的歷史脈絡之同時，也將臺灣史置於東亞甚或世界史的範疇做整體觀。跟著國際學界的趨勢潮流，擴大視野，吸收新方法，架構出結構性、總體性、全球性的史觀，建立區域總體史的臺灣新史學。 曹院士的臺灣島史概念在學術史觀外，也有它現實關懷的面向。曹院士認為，臺灣的地理位置正好位於東亞縱向群島的中心點，西鄰歐亞大陸，東接廣大的太平洋，又位處季風國際航道上，南端有東南亞橫向群島撐起這個中心點，臺灣可以說是「島嶼世界的中心」。此一歷史舞臺，先於族群、國家或佔領者而存在，隨著歷史空間的變遷，陸續有各族群、統治者出現為漫長的歷史過客。臺灣的生存之道，是將臺灣問題國際化，由國際力量來維護這個區域的和平，將臺灣建立成一個海上的瑞士。曹院士也認為，臺灣島史的想法將有助於海洋文化基礎工作的建構。

三、勤毅自學，足為後學典範
　　　 曹院士最為人所津津樂道者，是他僅有舊制中學學歷，也不曾出國留學，卻能以其過人的毅力和熱忱，勤查字典，自修古荷蘭文、西班牙文、拉丁文、法文、德文、葡萄牙文等語言，再以其豐富的語文能力，紮實地利用檔案文獻，進行歷史研究。他勤毅自學、終身奉獻學術研究的精神，實足為後學典範。 曹院士自1984起在臺大歷史系兼課並指導研究生，二十多年來培育了眾多的優秀學子。曹院士的課堂上除了臺大學生外，常有慕名而來的國內各大學研究生，以及遠從日本、韓國、法國、比利時、美國等地的留學生，可謂桃李滿天下。1990年，曹院士與其任職於荷蘭萊頓大學的學生包樂史教授，共同向蔣經國基金會提出計畫，資助年輕學者前往荷蘭進行研究。1999年，曹院士更出錢出力成立「曹永和文教基金會」，資助及推廣臺灣史以及海洋史研究活動與出版。曹院士大公無私、樂於栽培學生、提拔後進的作為，贏得學界廣泛的尊敬。