網址：http://athena.bioc.uvic.ca
分類：生物資訊／研究
簡介：
現有已知基因體序列最多的生物為病毒，因其基因體最小，最容易進行全基因體的定序。病毒是非常簡單的生命體，許多生命的基本現象都是使用病毒為研究材料而得，如：證明改變遺傳組成（轉形；transformation）的分子為DNA而非蛋白質即是利用病毒的最古典例子。比較各種生物的基因體相似與相異現象，可以幫助我們瞭解生物的演化關係。病毒生物資訊資源中心（Viral Informatics Resource Center）網站是由University of Vitoria設立的，他的主要目標是要提供病毒領域的研究者，許多可以用來分析病毒基因體序列的軟體（JAVA寫的）。其最著名的軟體為用來搜尋特定病毒基因序列的Viral Orthologous Clusters、定位胜?質量脈絡分析的GFS和分析基因體序列比較的VGO。此外，Gr a p hDNA可以將DNA序列化成圖像、Hydrophobicity plot可以分析蛋白質特性和BLAST（序列搜尋）功能等等有用的序列分析工具。這是一個必須強力推薦的網站；推！推！推！
類似功能網站：http://www.open-bio.org 提供非常多免費的生物資訊軟體供研究人員使用。
分類：生物資訊／資料庫
由於許多胺基酸都是由不只一組密碼子來轉譯，而特定胺基酸之對應密碼子的使用情形常常並非平均使用，於是造成了密碼子使用情形偏移（codon bias）的狀況。例如白胺酸（leucine）可以由六組不同的密碼子來轉譯，在大腸桿菌（Escherichia coli）表現量高的基因中，最常使用的是CUG，其相對頻度為5.54，而最少使用的則是CUA，相對使用頻度只有0.04。有趣的是，基因組之間的密碼子使用情形在不同種的生物都不盡相同；比方說白胺酸在酵母菌（Saccharomyces cerevisiae）中，最常使用的卻是UUG（相對頻度5.34），最少使用的是CUC（相對頻度0.00）。這個資料庫由日本Kazusa DNA Research Institute的中村保一博士（Yasukazu Nakamura）所建立及維護，利用GenBank的資料，分析不同物種基因組內的密碼子使用情形。目前的資料包含了32,775個物種，2,298,913筆具有完整基因（complete protein coding genes, CDS）。使用者可以在點選進入資料庫之後，以學名來進行搜尋。另外，也可以分別列出葉綠體和粒線體基因組的資料，點選之後，即可得到一個基因組的密碼子使用情形。裡面會將64組密碼子以表格的方式呈現其在基因組中出現之頻度和出現數目。網頁中也提供了一個網路服務countcodon program，使用者可以輸入自己提供的一段序列，由其伺服器計算密碼子使用情形。
網址：http://www.biomatters.com/
分類：生物資訊／研究
簡介：
利用生物資訊的軟體或資料庫來比對、分析現有的研究結果，已成為許多研究學者分析流程的一部分。而一個資料分析的過程中，通常會使用到許多不同的軟體，然而，由於不同軟體在程式設計上所接收或輸出的檔案格式不同，往往使得研究者必需經過許多轉換檔案格式的流程而花費不少時間，因此，一些生物資訊公司便設計了容易上手且研究必備，在功能整合性更強的生物資訊軟體，讓分子生物學家或生物化學家減少費時費力的搜尋以加速並簡化研究分析流程。當然，也可提供許多的軟體讓學術研究者免費使用。Biomatters是由紐西蘭生物資訊公司所成立的網站，這裡提供了一套名為geneious的軟體，從資料庫連結、序列比對、譜系建構到進階的結構預測等分析功能都一應俱全，的確減少了許多操作上的不便，因此有興趣的人可以利用學術免費使用版，練習操作整個分析的流程。
延伸網站 :
http://www.softberry.com/berry.phtml Softberry
網址：http://www.prabi.fr/
分類：生物資訊／研究
簡介：
生物學與計算機科學原是兩個獨立而專門的領域，然而，如果能應用計算機科學將日益龐大的生物資料庫加以整合或分析，就能利用細微而完整的資料來研究巨觀而重要的議題。PRABI 是羅納-阿爾卑斯生物信息中心所提供的網路平台，是一個功能強大的入口網站。這裡集中了許多科學研究小組整合了數學與電腦科學所開發出最新的計算機模擬生物科學。此網站同樣也是為提供生物學家和生物信息研究人員的交流工具，主要目的是透過在生物及醫療健康的研究來整合數據庫和計算機程式。在這裡，你可以了解到生物資訊的內涵，以及從事生物資訊的研究團隊與正在執行的計劃與成果，你也可以連結到許多基因或蛋白質的資料庫或是相關的分析工具。在這個網站中同時也有教學區提供軟體應用的教學或是譜系樹建構的教學等，對生物資訊或是系統生物學有興趣的人，一定要來此一試！
網址：http://www.bioinfo.no/
分類：生物資訊／研究
簡介：
網路帶給人更為多元的生活模式，其中也包括了科學的訓練與交流， FUGE Bioinformatics Platform是由挪威功能基因體計畫中所贊助的生物資訊論壇，提供了生物資訊相關的訓練課程，包括了統計學、程式語言設計、進階生物晶片分析課程等由全球多所大學的教授合開的課程，有興趣參與的學生或研究學者都可以線上註冊加入研習。此外，這個網站同時提供許多線上工具，如協助使用者檔案格式快速轉換等小程式，或是進階從使用者輸入的序列中偵測特定蛋白質的序列等特殊工具，而若是網站上提供的工具還不夠，站內更有強力的搜尋連結到其它軟體網站，幫助你在最短的時間內連結到現有相關的所有工具。最特別的是，要是上述的工具或方法都解決不了你的問題或是你在工具使用上遇到困擾，那麼，這個網站也有學術服務區，提供進階問題解決的方法。這個網站，對生物資訊有興趣的人以及從事分子生物分析的研究者而言，非常具有參考價值。
相關網站：
http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/ 3DNA
http://rna.ucsc.edu/rnacenter/xrna/xrna.html XRNA
網址：http://www.ebi.ac.uk
分類：生物資訊／教學與研究
簡介：
這是屬於歐洲分子生物研究室﹝European molecular biology laboratory, EMBL﹞的非營利機構。此機構的目的在成為生物資訊服務中心與促進研究。此網站中提供許多資訊庫，這些資料庫有EMBL的序列資料庫，功能類似 GenBank、UniProt Knowledge Base提供蛋白質序列的註解、Array Express提供基因表現的資料、Macromolecular St ruc ture Database提供大分子﹝如蛋白質﹞的結構資料和其他資料﹝如al ternat ive spl icing database﹞，實在有點族繁不及備載的感覺。此網站也提供很多服務包括下載他的資料庫與軟體、上傳個人的研究結果，和提供各式各樣的工具供利用，此外上述的資料庫的搜尋與分析均是這個網頁可以提供的服務。例如：你對alternative splicing資料庫有興趣，可以使用ASD﹝http://www.ebi.ac.uk/asd/ ﹞來分析你有的序列可能的蛋白質產物。這是一個類似Entrez的網站，提供的服務均是深具價值的項目，只要你是生技相關的研究者，這應是一個不得不上的網站。
