網址：
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/genenet/
分類：基因體／研究
簡介：
二十世紀是開始基因體定序的世紀，二十一世紀則進入功能性基因體開發的世紀，但如果只知道個別基因的功能而不瞭解其在整個細胞或個體的角色，則似乎也稍有不足。這個由俄國人創設的網站目的在收集、整理與分析調控基因表現的試驗結果，以構建基因相互影響的網路，這些資料包含DNA、RNA、蛋白質和基因網絡。在DNA資料庫中有提供轉錄調控區資料庫（TRRD）DNA結合序列資料庫，除了提供資料外，亦列有相關的參考文獻可供閱覽，部分核心著作可供下載參考。在RNA表現資料則有LEADER RNA描述RNA之5’UTR與提供軟體預測轉譯的效率，GA rna MODULE軟體供分析RNA二級結構，另有TRIG提供轉譯訊息的資料庫。在蛋白質方面亦有許多軟體與資料庫可供閱覽與使用。目前，此網站有41個基因網絡的資料供查詢，例如：脂肪細胞（Adipocyte）中可以發現大多數與脂質代謝相關基因的網路資料，並且列有部分可分泌至血液的蛋白質，此外內泌素對基因表現的脈絡也有圖示。這類資料深具參考價值，值得前往一探究竟。這部分的資料可與KEGG網站的代謝調控途徑互相參考，想必更能有深一層的體會。
相關網站：http://www.bionet.nsc.ru/labs/theorylabmain/booklet/COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOLOGY
網址：
http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl
分類：基因體／教學
簡介：
由於基因體研究的盛行，提供基因序列的網站多如牛毛，但是TIGR所設立的微生物基因資料庫（CMR），則是少有的優質網站。該網站收集所有現有的微生物基因序列，並隨時更新，提供給所有人使用。曾被諷刺稱為tigger（可愛的小卡通虎）的TIGR，對於設立與維護這個網站可是虎虎生風。他所提供的資料庫為Omniome資料庫，含有整個微生物的基因體序列資料與其註解、微生物的命名和特性和其他相關的資料，一應俱全。該網站提供針對多個微生物基因體搜尋的功能、核酸限制𡓨切位資料、整個基因體比對、和使用ftp下載基因體等不同功能的服務。對多個基因體搜尋的項目包括：基因名稱、基因座、酵素的學名、序列搜尋等方面。此外，該網站也提供個別微生物的資料庫供查詢、比對、與下載，而且提供連結至原始發現者與其他相關文獻資料。對於微生物研究者來說，這是一個不可多得的優質網站。
類似功能網站：http://www.tigr.org/ 基因體非營利機構
網址：http://www.greenomes.org/
分類：基因體／教學與研究
簡介：
這是在Gene Almanac底下的一個網站，它主要是把現在植物遺傳學和基因體學研究介紹給學生。網站內容以實驗簡介及教學為主，並利用阿拉伯芥（Arabidopsis）作為模式生物來進行各種實驗，以及介紹如何檢查經基因修飾的食物，就是我們所說的“基因改良食品”。這個網站的特點在於，對於實驗流程有詳盡的介紹，如果你想進行相關實驗，只要參考他的實驗步驟就行了！
裡面將所有的流程以圖示表現，並詳細敘述所需要的實驗材料，甚至連實驗結果與討論都包含在內，還運用生物資訊學，告訴你如何使用NCBI，來對這個實驗作更深入的了解。相信如此詳盡的過程對新手來說是有極大幫助的！另外也提供PDF檔案下載。這個網頁還有一個特色，在“資源”（Resources）的部分，提供了許多與實驗相關的基本資料，如阿拉伯芥的栽培技巧，其中不只有文字介紹，有些部分甚至提供真人示範的影片教學，若使用者想更了解植物細胞的基本生理構造，網站中也提供各種植物細胞胞器的解說，並輔以卡通繪圖以幫助理解。
相關網站：http://plantsinmotion.bio.indiana.edu/plantmotion/starthere.html
網址：
http://slam.bs.jhmi.edu/
分類：基因體／研究
簡介：
合成致死（Synthetic lethality）是結合兩種不會致死的突變而造成致死效果的遺傳致突變技術，在研究未知基因功能上極為有用的工具。SLAM則是約翰翟金森大學執行的一個大型計畫，目的在找尋酵母菌基因體內有哪些基因具有此種合成致死的特性。你可到這個網站搜尋所有已知有合成致死的基因，你也可以到此尋找需要的試驗方法一包含如何萃取高品質的基因體DNA和使用晶片來測定細胞的活存與否等，這個計畫所使用的材料如何取得一有關酵母菌試驗的材料來源都有紀錄可查，其它如晶片相關試驗的資料分析與結果的資訊均可在此查詢得知。此外；此網站有一連結至基因設計（Gene design，slam.bs.jhmi.edu/gd/index.html），這是2006年Gene Research上所發表的免費設計基因的工具。基本上這個工具可以讓你改變原來基因上的限制瓷切位而不影響基因胺基酸系列，或是改變codon，或是完成設計後的基因系列分析，當然如果想要改回已經被移去的特定限制切位，這個軟體也可以協助你達成。這些操作都可以再針對幾個已知基因體系列的物種（人、酵母菌、線蟲等）來進一步強化或改善最後設計出來的基因系列。所以這是一個值得一推的研究網站。
相關網站：http://nihroadmap.nih.gov/ NIH Roadmap
網址：
http://www.rbgkew.org.uk/cval/
分類：基因體／資料庫
簡介：
基因體的大小是生物多樣性的一項重要指標。真核生物不論是否為多倍體，其未分裂之生殖細胞核之DNA含量，被稱為C值（C-value）。這個值可以比傳統染色體的套數更能明確的表示出生物基因組的大小。植物基因組C值資料庫由英國皇家植物園（Royal Botanic Garden, Kew）建製，目前蒐集了超過5150種植物的C值資料，它包含了被子植物資料庫（6.0版，2005年10月，超過4427種），裸子植物資料庫（3.0版，2004年12月，約207種），蕨類植物資料庫（3.0版，2004年12月，約87種），苔蘚植物資料庫（2.0版，2004年12月，約176種），以及藻類資料庫（1.0版，2004年12月，約253種）。這個資料庫主要整理文獻中所發表的植物基因體大小資料，並輸入資料庫中。
使用者可以在點選進入資料庫之後，以學名，
DNA含量，染色體數目等來進行搜尋。也可以在搜尋
完的結果中再輸入其他參數縮小搜尋範圍。另外，使用者們也可以直接將自己的研究成果在網路上加入這個資料庫中。每筆資料都可以再連結到原始的發表文獻，供使用者參考。
延伸網頁：
http://www.genomesize.com/ 動物基因體量資料庫（Animal Genome Size Database）
http://www.zbi.ee/fungal-genomesize/ 真菌基因體量資料庫（Fungal Genome Size Database）
參考文獻：
Bennett MD and Leitch IJ. 2005. Plant DNA C-values Database (release 4.0, Oct. 2005).Gregory, T. R., J. A. Nicol, H. Tamm, B. Kullman, K. Kullman, I. J. Leitch, B. G. Murray, D. F. Kapraun, J. Greilhuber, and M. D. Bennett 2007. Eukaryotic genome size databases. Nucleic Acid Research 35: D332-D338.
網址：http://www.genome.wisc.edu/
分類：基因體／研究
簡介：
時下有許多關於各物種的基因體研究，而這個威斯康辛大學大腸桿菌基因體計畫的網站，就是大腸桿菌的天下了！重點之一是大腸桿菌的基因定序，他列出大腸桿菌先前發現的基因及其產物，還有最近才發現的一些RNA基因。資料中附有在各種不同測試條件下的基因表現頻率圖表，以及出自NCBI的完整文獻資料。網站中也提供以顯微鏡拍攝大腸桿菌對不同碳源的利用情形，有六個影片檔可供下載，由影片中可以清楚地了解大腸桿菌在各種環境中的活動情形。另一個重點在於其基因體功能研究，科學家利用各式各樣的方法，例如：使用藥物、置換…，造成大腸桿菌之突變，以研究其Open reading frame（ORF；基因表現序列）的功能，再以DNA microarray檢驗野生型及突變者在不同情況下之基因表現。接著進行其表現型分析，可獲知各突變種之生長曲線及代謝能力，最後附有一些相關試驗的步驟與材料，還有PDF檔案資料供下載。經由這些研究與實驗結果，我們可以得知哪些基因是大腸桿菌生存所必須的，也能幫助我們對大腸桿菌建造出廣泛綜合的生物架構。
首頁右側的“What's new”部分提供了一些相關資源或最新訊息，像是威斯康辛的遺傳定序與基因體服務中心連結、網站最新研究內容、研究成果商品化等。
這個網站的好處在於匯集了有關大腸桿菌的各種資料，並且持續更新，所以對研究大腸桿菌的人而言，這會是個資源豐富寶庫喔！
相關網站：
http://www.genome.wisc.edu/gsgsc/index.htm Genetics Sequencing and Genomics Services Center (GSGSC)
http://www.genome.wisc.edu/MicrobialGenomics15/ 15th Annual International Conference on Microbial Genomics
網址：
http://www.niehs.nih.gov/research/supported/programs/egp/
分類：基因體／研究
簡介：
NIEHS（National Institute of Environmental Health Sciences）是美國國家環境健康科學院，NIH則是美國國家衛生院，這兩個機構的目標是希望藉由一些環境與人類基因相互影響的研究，改善人類的疾病，著重的方向包括婦女與兒童的健康、帕金森氏症、營養及氣喘等。希望藉由研究環境對人體的影響與個體差異，降低環境對人體所造成的疾病與官能障礙。
環境基因體計畫（Envi ronmental Genome Project，EGP）是NIEHS所進行的計畫之一，目的在於透過研究，了解個體在環境中受影響的程度是如何不同，簡單來說，就是研究基因多型性與環境的交互作用，造成即使是相同疾病但卻有不同程度的影響。其研究範圍包含人類DNA的多型性、對DNA作功能性分析、流行性疾病研究，以及支持EGP相關研究的技術發展。在多型性與基因部分（polymorphism and genes），為基因與多型性做了一番簡單的介紹，也提及單核啟酸多型性（SNP）的研究，你可以連結到NIEHS SNPs，此網站主要是公佈環境基因體計畫的研究進度及發展，閱覽者除了可以搜尋已完成研究的基因，也可找到目前正在被研究的基因，還可以提名推薦自己認為具有研究價值的基因。筆者上網作一初步搜尋即發現，光是基因名字為A開頭的就有35個已完成，而這些優先完成單核啟多型性的基因多與DNA修復和細胞週期有關。EGP著重的研究內容可以從首頁以及研究活動（Research Activities）看到，內容涵蓋了生物統計與資訊、DNA排序、DNA功能性分析、道德法律及社會關聯、小鼠研究中心、以族群為基礎的流行病學、技術發展、檔案計畫等。在每個課題裡，含有研究者為此主題所撰寫的計畫概要，若有興趣的話可以仔細閱讀一番。結合EGP與NIEHS SNPs兩個網站，其研究主題企圖瞭解這類基因的多型性與其對環境中具破壞力的因子的抗性，期能因瞭解人類基因型與抵抗環境因子的關係，而減少這類疾病的困擾。偉大的努力，不凡的成果，簡單的網站，豐富的網頁內容。
相關網站：NIEHS SNPs
http://egp.gs.washington.edu/welcome.html
網址：http://www.thearkdb.org
分類：基因體／研究
簡介：
分子牧場是新近流行的用語，但是Roslin Bioinformatics Group不只相信，更努力地要將分子牧場e化。這是一個對畜產動物基因體非常重要的網站，因為他們希望能把畜產動物基因體的資訊能夠整合在一個網站，讓相關研究人員享受像人類和小鼠基因體資訊一樣的便利。該網站綽號ARKDB（諾亞方舟資料庫）囊括了馬、牛、羊、豬、雞、火雞、貓、鹿、鮭魚和吳郭魚等十種動物的基因體序列資料，除了隨時更新序列資料供閱覽者搜尋比對與下載外，亦提供許多基因相關的資料，如：基因座、序列標記、細胞遺傳標記、PCR引子、參考文獻及各式各樣與基因體序列相關的資訊供閱覽者參考。這個網站上可以找到各種畜產動物的genomic基因庫和各種組織cDNA基因庫的資料，包括誰製造該基因庫以及其他相關資訊。雖然這是一個方便的網站，可惜資料蒐集尚未齊全，將來隨著相關研究的進展，此網站應更能提供完整的資料供研究者參考。此外，愛狗的人要失望了，該網站尚未有狗基因體的資料，也許今年是最佳的年度加上狗的基因體，如此大家才能一起走狗運。
相關網站：http://www.angrin.tlri.gov.tw/genome_all.htm家畜禽基因定位網站
網址：http://gold.tugraz.at/Main.jsp
分類：基因體／研究
簡介：
拜現代人日益增胖之賜，脂質相關基因的資料庫越來越受重視。由Graz科技大學基因體與生物資訊中心所創設的這個網站，網羅了當下與脂質相關基因體的資料供網友閱覽使用。其中代謝途徑（Pathway）則可連結到由京都大學創設非常著名的代謝途徑網站KEGG所有資料，例如：你想知道固醇類的合成過程與參與的瓷，可以連結至Pathway再選取固醇合成網頁，其中所有已知參與的蛋白質和中間代謝物都可以找到，所以整個脂質代謝的途徑都可在您的指尖流轉。該網站也蒐集了20個基因表現的資料庫，分別陳列人類糖尿病、小鼠肥胖、3T3-L1脂肪細胞分化、瘦體素（leptin）功能與作用和人類脂肪細胞分化中基因表現等主題基因晶片研發成果，供大眾參考。此外在工具區（Tools）中也提供包含HMM、BLAST、Genesis和其他生物資訊工具供人使用。在此也有各類的Protocols和實驗流程供參考，包括cDNA晶片製作時cDNA Clone的生長、PCR、PCR產物的純化與後續從事基因晶片實驗的參考方法，當然也有驗證基因晶片結果的即時PCR的實驗流程供參考。最後此網頁也提供許多有用的網頁可供連結，其中不乏本書也有介紹的著名網站，讀者可自行前往閱讀。總之，這是一個收集別人創造與脂質代謝相關資料的網站，值得一遊。
相關網站：
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/ Baylor College of Medicine Search Launcher
http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/metabolism/metabolism.html Metabolism Problem Set
網址：
http://www.informatics.jax.org/
分類：基因體／研究
簡介：
在哺乳類的各種模式生物中，最常使用的莫過於小鼠了。使用小鼠研究時，需要隨時參考這些專門研究小鼠的網站，而Mouse Genome Informatics（MGI）就是其中之一，MGI隸屬於The Jackson Laboratory，這個實驗室是個很重要的遺傳研究中心，期望以這些基因研究與教學來提昇人類的生活品質，由此網站不難看出The Jackson Laboratory在哺乳類遺傳研究的付出，其內容之豐富，值得一探究竟。
MGI主要有四個計畫，分別是Mouse Genome Database Project、Genome Expression Database Project、Mouse Tumor Biology Database Project、Gene Ontology Project，內容涵蓋了小鼠基因的特性、命名、序列關係、突變、基因表現、基因頻率還有遺傳上的病理缺陷等等。網站內容分成What’s New、Additional MGI Tools & Links、Data Submission、Help、About MGI、OtherResources、Search Menu。其中最值得一提的是Tools & Links以及Search Menu，這個網站含有龐大的資料庫，可以利用列在網站上的搜尋工具來尋找你要的資料，無論是對偶基因、多型性、BLAST、基因序列或基因表現等，都設有不同的搜尋系統供使用，除此之外，網站還有電子書，讓你在線上參考閱讀。在Anatomical Dictionary Browser也可以連結到EMAP（Edinburgh Mouse Atlas Project）網站，這個網站是愛丁堡大學結合了生物醫學與臨床，製作出小鼠發展的數位圖解與資料庫，你可以搭配兩個網站的內容，一邊欣賞3D照片一邊對照數據資料和敘述。總而言之，這個網站的內容繁複，不是三言兩語就可以說明白的，當你真正去使用這些工具與閱讀內容的時候，就會發現這個網站確實是不可多得的好幫手。
相關網站：
http://genex.hgu.mrc.ac.uk/intro.html EMAP
http://phenome.jax.org/pub-cgi/phenome/mpdcgi?rtn=docs/home小鼠表型數據庫
網址： http://www.sciencemag.org/feature/plus/sfg/
分類：基因體／研究
簡介：
功能性基因體學（Functional Genomics），用於分析基因體表現的序列以定位基因及研究其他特性，然後研究所發現基因之功能。例如，針對某些物種基因體資料庫（定序資料），經由電腦進行密碼偏好（codon bias）分析，以判斷假設基因存在位置，推測基因之功能，再以電腦驗證，利用同質性搜查（homology search），將基因序列與國際性的DNA資料庫（如：NCBI）中已知的基因序列比對，除了鑑定一個假設基因的正確性外，如果相似基因的功能為已知，也可以據此推測這個基因的功能，再配合基因剔除法（gene knockout）可更加確認各種基因的功能。本網站即是Science期刊的一個以功能性基因體學為主題的網頁，內容有頭條新聞、近來的故事還有最新的論文，新聞及故事來源主要擷取於一些著名的新聞網站，例如BBC news、New York Times等，或是本身Science裡面的scienceNOW，而所附上最新論文的出處皆是國際知名科學期刊，如：Nature、Science…等。網站內也介紹特殊的議題、關於人類基因體的歷史與重要性、科學資源、生物科技的商業資訊或教育網站連結。像科學資源裡面，可以找到模式生物、序列與表現數據、蛋白質結構及功能、基因圖譜、含基因組的蛋白質…等非常豐富的資訊連結，應有盡有。網站首頁右方則是提供一些生技公司連結，例如：Affymatrix、Cerela等在生技產業上相當著名的公司。
雖然這是個附屬於Science下的網站，但裡面的內容非常豐富，假如你想知道最新資訊或是想尋找任何資料，都推薦你到這網站逛逛，保證會有滿滿的收穫！
相關連結：英國的功能性基因體學網站:http://www.functionalgenomics.org.uk/index.htm
網址：
http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml
分類：基因體／教學與研究
簡介：
二十世紀末由於新的研究技術發展，在遺傳學的研究上又多了一個新的研究領域—基因體學（Genomics）。生物學家利用分子選殖與電腦的技術對各種生物的基因體進行基因圖譜分析定位與基因體核啟酸序列的定序工作，解析生物的全套遺傳密碼。這個網站則是由美國能源部科學辦公室（U.S. Department of Energy Office of Science）所主辦，專為人類基因體計劃（Human Genome Project；HGP）—這一個被科學界視為可以與阿波羅登月計劃（Apollo Project）媲美的一個計畫所設立。網站內容包含有五大部分：一、有關於HGP的各項基礎資訊，例如：HGP的計畫內容、歷史、目標、常見問題解答，以及相關名詞的解釋；二、提供研究方面的資料給相關研究者，例如：基因圖譜、序列、生物資訊等的相關連結、最新研究進展、各種研究資訊與研討會的訊息；三、提供教育資源給學生及老師，包括教材、圖片、影片以及其他相關教學網站連結等資源；四、一般大眾十分關心的道德、法律與社會問題等議題的探討；五、新遺傳學—基因體學的出現以及其在醫學方面相關價值的討論。此網站是此議題中最具代表性的網站，其資源甚豐，以致在這裡如果您想得到與人類基因體計畫相關的資訊，就可以找的到，您沒想到的他也幫你收集到！所以在此強力推薦給各位讀者。
延伸網站：
Genome Research，2006/2/12，http://www.genome.org/。
genome.gov | National Human Genome Research Institute，2006/2/12，http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10001694。
