Microchip Lab

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About Lab

本實驗室利用高通量(high-throughput)平台,Microchip、NGS(Next Generation Sequencing),找尋可應用在生物或生物醫學上的生物指標(Biomarker)

  • Biomarker for lung cancer outcome prediction
  • Using microRNAs to predict the recurrence of esophageal cancer
  • NGS and Metagenomics applications
  • Variation detection in cancers - Artificial Intelligence in biomedical application


Projects

我們整合Wet lab experiment,無論是利用動物模式(Mice)或者是細胞(Cancer cell)模式,驗證透過生物技術與分析之後所得到的結果;
在Dry lab生物資訊這一塊,利用分析了解如何將很多實驗資料做整合、建構許多資料庫達到有系統分析與呈現。
實驗室也開發許多新工具,實驗中透過先前發現的Biomaker,以細胞模式、動物模式,驗證其功能,近年來研究主題分為以下類:

  • 01Biomarker for lung cancer outcome prediction

    實驗端我們研究癌症細胞轉移之間的關連與探討,先前研究Semaphorin 5A(SEMA5A)在癌症組織中扮演的角色,透過細胞動物模式方式,發現肺癌細胞migration與proliferation的密切關聯。 之後的研究中針對 Semaphorin 6A(SEMA6A) transmembrane protein domain fuction作探討,並試圖了解SEMA6A與癌症細胞轉移關係與下游途徑。以及探討SEMA6A與Semaphorin 3A(SEMA3A)競爭receptor關係, 認為SEMA6A會跟細胞誘導免疫反應相關,透過細胞實驗ln vivo/Ex vivo知道癌細胞過度表現SEMA6A的情形, 利用過度表現SEMA6A的小鼠發現與tumor necrosis關係,似乎SEMA6A會呼叫免疫細胞前來殺死癌細胞, 會持續探索SEMA6A這個對細胞來說是重要的腫瘤抑制基因。

  • 臨床上發現,患有食道癌的患者經過治療後,約一年半至兩年間可能有復發轉移情形,藉由蒐集食道癌治療後轉移與無轉移患者RNA,透過NGS技術想知道microRNA中轉移與無轉移間的差異性,探討兩者間differentially express microRNA,並針對microRNA-338-5p(338-5p),嘗試證明338-5p於轉移後復發的腫瘤細胞表現,透過加入overexpress mimic食道癌細胞揭開細胞migration面紗,想知道338-5p的角色。並於實驗中以過度表現338-5p搭配食道癌常用化療藥物cispation,試圖增加患者存活率。
    復發(recurrence)於細胞尺度上,即細胞爬到血管淋巴管後進而轉移,然原位癌細胞屬附著細胞,爬到血管游離後就會死亡,也想了解復發的癌細胞是否具有較高anoikis resistence。探討338-5p是否與anoikis相關?338-5p高表現對anoikis的影響為何?也發現Hrp3基因參與其中,延伸探討microRNA-338-5p, Hrp3之間與anokis關係。

  • 次世代定序與菌相分析幫助我們了解複雜的生物與生物間關係,在環境議題上針對雲林六輕工廠附近農田、養殖池,採樣工安意外前後的土壤菌相分析,並應用相同技術探討茶樹園中噴灑農藥、有機耕種兩種截然不同方式,了解對土壤主要菌相的差異與關聯。 我們也探討紅火蟻入侵台灣的時間軸與環境關係、臺灣特有種定序:臺灣帝雉、藍腹鷴、水鹿、山椒魚等,這些都是實驗室有興趣的物種。 生資工具上利用各類分析軟體的整合與串接,以Python, R , Javascript, Linus等語言/系統,視覺化各項分析結果、編寫軟體、資料庫及搭建對使用者友善的介面平台。

  • 近期嘗試將臨床影像、腫瘤基因定序作為資料來源,利用機器學習幫助臨床應用中個人、多人於判讀影像上的偏差,給予另一種參考的標準。 也試著利用基因定序的結果,借助機器學習,推敲出腫瘤基因與正常基因間的差異、癌細胞的轉移、分裂能力,更了解基因序列代表的意義。

Professor

蔡孟勳 教授

Institute of Biotechnology, National Taiwan University

生物資訊、微陣列、細胞生物學、放射生物學

著作目錄

Team

  • All
  • WET LAB
  • DRY LAB

李永華

陳星光

林玟君

陳立涵

蘇雨恩

呂韋霓

博士生

許航凱

謝正陞

碩士生

曹立儀

碩士生

胡兆棨

碩士生

徐資恆

碩士生

王盈喬

碩士生

Questions

  • 我們嘗試透過生物資訊的幫忙回答重要的生物學與生物醫學問題,若你是生物背景專長學生,對生物資訊有興趣、想嘗試生物與資訊跨領域的結合,不必具備很專精的資訊與寫程式能力,實驗室會與多樣的系所與醫師們合作,擁有生物資訊領域團隊跨域合作及討論,只要願意學,相當的歡迎有興趣與熱忱你/妳一同踏入生物資訊的世界!

    台北市長興街81號 R406、R306 / E-mail:motiont@gmail.com
  • 如果你是生物科技所碩士推甄/考試生,請記得於六月中旬前在台大生技中心報名生物技術核心實驗(七月or八月班皆可),這是畢業門檻中碩班必修4學分,暑假修完課開學就不用辛辛苦苦整天修這堂課囉!

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