臺大學術研究績效獎勵為鼓勵專任教師及研究人員積極發表學術研究成果所設，包含期刊論文及學術專書兩大類。期刊論文指本校專任教師或研究人員以本校為所屬學術機構為名發表在Nature、Science、SCI、SSCI及A＆HCI期刊，及國科會社會科學領域TSSCI正式收錄期刊等，並經審查後以頂尖期刊、傑出期刊及優良期刊類別給予不同之獎勵金。

　98年度本系共計8名教師獲獎，分別為黃俊傑特聘教授所撰 “On the Relationship between Interpretations of the Confucian Classics and Political Power in East Asia: An Inquiry Focusing upon the Analects and Mencius” 獲選為學術研究績效獎勵之「傑出期刊」論文；吳展良教授、楊肅獻教授、陳弱水教授、童長義助理教授、衣若蘭助理教授、陳宗仁助理教授、秦曼儀助理教授所撰7篇學術論文，獲選為「優良期刊」論文。